基础图库

常用科研图型的 R 与 Python 作图示例

每个案例都给出 R（ggplot2）与 Python（matplotlib）两版代码、示例数据和出图结果，可直接下载运行。

分布与比较

箱线图叠加抖动散点（分组比较）

图型	箱线图
分类	分布与比较

小提琴图 + 内嵌箱线图

图型	小提琴图
分类	分布与比较

直方图 + 密度曲线（分组叠加）

图型	直方图
分类	分布与比较

均值 ± 标准误柱状图（分组）

图型	柱状图
分类	分布与比较

配对前后对比图（连线点图）

图型	配对连线点图
分类	分布与比较

山脊图（多组分布叠排）

图型	山脊图
分类	分布与比较

蜂群图 / sina 图（显示每个点的分布）

图型	蜂群图 / sina 图
分类	分布与比较

经验累积分布曲线

图型	ECDF
分类	分布与比较

关系与排序

散点 + 线性回归与 95% 置信带

图型	散点图
分类	关系与相关

百分比堆叠柱状图

图型	堆叠柱状图
分类	组成与排序

克利夫兰点图（排序后的单变量比较）

图型	克利夫兰点图
分类	组成与排序

临床统计

Kaplan–Meier 生存曲线（两组 + 风险人数表 + log-rank 检验）

图型	生存曲线
分类	临床统计

ROC 曲线（两个模型的比较，含 AUC 与 95% 置信区间）

图型	ROC 曲线
分类	临床统计

校准曲线（按预测概率十分位分组）

图型	校准曲线
分类	临床统计

Cox 回归森林图（风险比 HR 与 95% 置信区间，对数轴）

图型	森林图
分类	临床统计

PR曲线与平均精确率（不平衡结局）

图型	PR曲线
分类	临床统计

决策曲线DCA（阈值与净获益）

图型	决策曲线
分类	临床统计

Bland–Altman方法一致性图

图型	Bland–Altman图
分类	临床统计

纵向个体轨迹图

图型	纵向轨迹
分类	临床统计

组学

火山图（差异表达基因）

图型	火山图
分类	组学

MA 图（平均表达 vs 倍数变化）

图型	MA 图
分类	组学

差异基因表达热图（行标准化 + 层次聚类）

图型	热图
分类	组学

主成分分析（PCA）样本图

图型	PCA 图
分类	组学

GO 富集气泡图

图型	气泡图
分类	组学

GSEA 加权富集运行曲线（ES 教学示例）

图型	富集运行曲线
分类	组学

UpSet 多基因集排他交集图

图型	UpSet交集图
分类	组学

RNA-seq文库大小与零计数比例

图型	文库质量控制
分类	组学

样本相关性与批次注释热图

图型	样本相关热图
分类	组学

单细胞Marker表达气泡图

图型	Marker气泡图
分类	组学

分布与比较

箱线图叠加抖动散点（分组比较）

小提琴图 + 内嵌箱线图

直方图 + 密度曲线（分组叠加）

均值 ± 标准误柱状图（分组）

配对前后对比图（连线点图）

山脊图（多组分布叠排）

蜂群图 / sina 图（显示每个点的分布）

经验累积分布曲线

关系与排序

散点 + 线性回归与 95% 置信带

相关系数热图（下三角，带数值）

百分比堆叠柱状图

克利夫兰点图（排序后的单变量比较）

临床统计

Kaplan–Meier 生存曲线（两组 + 风险人数表 + log-rank 检验）

ROC 曲线（两个模型的比较，含 AUC 与 95% 置信区间）

校准曲线（按预测概率十分位分组）

Cox 回归森林图（风险比 HR 与 95% 置信区间，对数轴）

PR曲线与平均精确率（不平衡结局）

决策曲线DCA（阈值与净获益）

Bland–Altman方法一致性图

纵向个体轨迹图

组学

火山图（差异表达基因）

MA 图（平均表达 vs 倍数变化）

差异基因表达热图（行标准化 + 层次聚类）

主成分分析（PCA）样本图

GO 富集气泡图

GSEA 加权富集运行曲线（ES 教学示例）

UpSet 多基因集排他交集图

RNA-seq文库大小与零计数比例

样本相关性与批次注释热图

单细胞Marker表达气泡图